基于RNA-seq技术的北草蜥转录组中SSR位点信息分布

摘要

北草蜥(Takydromus septentrionalis)是蜥蜴科草蜥属的一种爬行动物,为中国特有种,分布广泛。不同分布种群的北草蜥的体色存在差别。为了获得北草蜥皮肤组织内的简单序列重复(Simple sequence repeat,SSR)标记,以备后续对其不同生境中的体色进行差异性分析,基于转录组测序(RNAseq)组装了417190条转录本序列,合计全长479055094 bp。共识别到60968个SSR位点,含有SSR位点的转录本数目为56456条,占总转录本数目的13.53%。其中:有1个以上的SSR位点的Unigenes有10644个,存在复合形式SSR位点的数量有4513个。在SSR位点中包含1~6个核苷酸重复的所有类型,不同核苷酸重复类型的含量差异较大。单核苷酸重复型有27028个(44.33%);2核苷酸重复型和3核苷酸重复型分别有17876个(29.31%)和13332个(21.87%);4~6核苷酸重复型含量极少,位点总数占比只有4.48%。其中:4核苷酸重复型有2580个(4.23%),5核苷酸重复型和6核苷酸重复型分别只有112个(0.18%)和40个(0.07%)。从整体上看,在北草蜥转录组中,平均约7.86 kb出现1个SSR位点。