miR-125a-5p在视神经炎患者PBMC中的表达及其生物信息学分析

摘要

目的:探讨miR-125a-5p、miR-145-3p和miR-145-5p在视神经炎(ON)患者外周血单个核细胞(PBMC)中的表达水平,并采用生物信息学方法分析差异表达的microRNA在ON发病过程中的分子调控网络。方法:收集ON患者5例(ON组)及同期体检健康者5例(对照组),应用实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)法检测PBMC中miR-125a-5p、miR-145-3p和miR-145-5p的表达水平。应用miRNAbase数据库分析miR-125a-5p在不同物种间的保守性。应用TargetScan数据库、PicTar数据库、miRanda数据库及miRDB数据库预测hsa-miR-125a-5p交集靶基因;应用DAVID数据库对hsa-miR-125a-5p靶基因进行GO功能富集分析;应用KOBAS数据库对hsa-miR-125a-5p靶基因进行KEGG信号通路富集分析;应用STRING数据库对hsa-miR-125a-5p靶基因进行蛋白-蛋白互作(PPI)网络分析。结果:ON组PBMC中miR-125a-5p表达水平(1.086×10^-3±0.692×10^-3)显著低于对照组(4.468×10^-3±2.322×10^-3)(P0.05);miR-125a-5p成熟序列在不同物种间具有高度保守性;hsa-miR-125a-5p潜在交集靶基因有78个;GO富集结果显示,hsa-miR-125a-5p靶基因功能主要富集于nucleus、nucleoplasm、membrane等14个生物学过程;KEGG通路结果显示,hsa-miR-125a-5p靶基因主要富集于MicroRNAs in cancer、PI3K-Akt signaling pathway等17条信号通路;PPI网络结果显示,hsa-miR-125a-5p靶基因主要作用于DICER1等72种蛋白。结论:ON患者PBMC中hsa-miR-125a-5p表达水平升高,其可能在多条信号通路中发挥作用,参与ON的发病过程。