牦牛CAPN3基因CDS区克隆及生物信息学分析

摘要

根据GenBank中普通牛CAPN3基因cDNA序列,设计特异性引物,采用RT-PCR技术从牦牛总RNA中克隆获得CAPN3基因完整的CDS区及部分3'UTR序列,预测分析该基因编码蛋白的生物学信息.结果表明:牦牛CAPN3基因CDS区全长2 469 bp(GenBank登入号:JX112349.1),编码822个氨基酸残基(GenBank登入号:AFP73395.1);同普通牛比对,牦牛CAPN3基因在CDS区存在10个SNPs,并导致该蛋白功能区域内3个氨基酸突变;牦牛CAPN3基因编码蛋白分子量94.58 ku,理论等电点(PI)5.70,其氨基酸序列中存在较强的亲水区域,二级结构为以α-螺旋和无规卷曲为主的混合型;牦牛CAPN3基因编码氨基酸序列与普通牛、绵羊、野猪等物种间同源性较高,系统进化情况与其亲缘关系远近一致.