肝细胞癌模型小鼠中外泌体来源RNA剪接基因的功能及差异表达分析

摘要

目的:探讨模型小鼠肝细胞癌组织(TM)内差异表达的外泌体来源RNA剪接基因(exosome-derived RNA-splicing-related DEGs,ERDs)的变化图谱及AS、SNV和INDEL与基因表达的关系.方法:以健康小鼠肝组织(生理微环境,PM)、模型小鼠无瘤体肝组织(细胞癌前微环境,PTM)和模型小鼠肝细胞癌组织(肿瘤微环境,TM)为材料,分别提取各组样本中的总RNA进行RNA-seq和生物信息学分析,并通过RT-qPCR验证实验结果.结果:与PTM比较,TM中有158个高表达的ERDs;与PM比较,TM中有141个高表达的ERDs;两类对比样本中有21个相同的ERDs在TM中高表达.这21个ERDs主要参与了4个生物学过程(BP)、5个细胞组分(CC)、2个分子功能(MF)和1个信号通路(KEGG pathway).其功能主要富集在剪接体的功能上,尤其是在剪接体执行剪接过程中ploy(A)RNA结合、核来源的第二步剪接小体的催化作用以及剪接体snRNP组装.结论:TM中高表达的ERDs主要通过poly(A)RNA结合异常,介导错误的RNA剪接和剪接体snRNP组装,可能导致mRNA错乱剪接进而影响模型小鼠肝细胞癌的发生发展.同时,引起基因多态性的可变剪切(AS)、单核苷酸位点变异(SNV)及插入缺失标记(INDEL)与TM中高表达的RNA剪接具有关联性.