代谢网络自动绘制的快速网格布局算法

摘要

描述众多代谢物之间的拓扑关系的代谢网络,是抽象的高维数据.为了帮助人们分析这些复杂的数据,需要开发高效的可视化算法.近年来日益引起关注的网格布局算法在代谢网络自动绘图中显示了很好的特性,其面临的一个主要问题是如何有效降低计算量以满足快速、准实时网络绘图的需求.作者提出了一种快速网格布局算法,采用邻域试探和扰动再优化的全局搜索策略,能够数秒内产生高质量的典型代谢网络布局,适用于更广泛的代谢网络可视化分析应用.