凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道微生物及抗生素抗性基因多样性分析

摘要

探究凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道微生物及抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes,ARGs)种类的差异.通过高通量测序和变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)技术分析2种虾肠道微生物群落结构差异和微生物多样性,并运用PCR方法检测了2种虾肠道细菌常见38种ARGs的携带情况.结果显示,获得凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道细菌有效序列分别为42795和40713条,物种注释单元(operational taxonomic unit,OTU)数目分别为124和82,分类地位明确的细菌种类分别隶属5个门、17个属和5个门、16个属.凡纳滨对虾肠道细菌的优势类群为变形菌门,所占比例为75.45％,优势菌属为副球菌属(25.83％)和不动杆菌属(25.24％);罗氏沼虾肠道细菌的优势类群是厚壁菌门(49.74％),优势菌属为乳球菌属(49.01％)和弧菌属(29.98％).凡纳滨对虾肠道细菌(2.19)Shannon指数高于罗氏沼虾肠道细菌(1.78),表明前者肠道细菌多样性大于后者.DGGE图谱的分析结果与高通量测序一致,2种虾肠道细菌种类差异很大.PCR结果显示,凡纳滨对虾肠道细菌携带15种ARGs,罗氏沼虾肠道细菌携带14种ARGs.本实验表明凡纳滨对虾肠道细菌的群落种类多样性、OTU丰富度、物种总数和ARGs种类均高于罗氏沼虾肠道细菌,为后续肠道微生物资源的挖掘提供了理论依据.