基于RAD-seq简化基因组测序的河南斗鸡遗传进化研究

摘要

研究旨在基因组水平上揭示河南斗鸡的遗传进化机制.利用RAD-seq简化基因组测序鉴定河南斗鸡与其他18个地方鸡种、2个引入肉鸡品种的SNP标记,计算遗传统计量,分析河南斗鸡的遗传多样性和遗传结构,鉴定受选择基因.结果 表明,在河南斗鸡中鉴定出SNP标记259,412个.与其他18个地方鸡种相比,河南斗鸡的观察杂合度Ho(0.1560)和核苷酸多样度Pi(0.1752)均为最低,近交系数Fis为0.1099,遗传多样性相对匮乏;河南斗鸡的平均遗传分化系数Fst最高(0.2187),平均基因流Nm最低(0.9017),在以引入品种为外群的系统发育树中形成一个独立的分支.通过Fst和θπ检验,在河南斗鸡中鉴定出24个受选择区域、129个受选择基因.GO和KEGG分析表明这些受选择基因主要富集在能量代谢、神经系统发育、运动行为、微管细胞骨架等生物学通路.