N-脱甲基酶催化氧化咖啡因的反应机理

摘要

为研究恶臭假单胞菌CBB5降解咖啡因的反应机理,使用AutoDock和Vina软件完成咖啡因、茶碱及可可碱与N-脱甲基酶的分子对接工作,分析小分子配体与周围的氨基酸残基相互作用,并根据结合自由能及RMSD值分析最佳作用位点。结果表明,NdmA与咖啡因和茶碱之间存在π-π堆积作用,配体与受体结合较好,推测N282和F168为咖啡因和茶碱能够紧密结合在蛋白质的疏水空腔内的关键氨基酸残基,可以高效完成催化氧化作用。