肾透明细胞癌基因表达谱芯片的生物信息学分析

摘要

目的 利用生物信息学的方法分析肾透明细胞癌(ccRCC)相关基因功能富集、通路及关键基因的临床意义.方法 从TCGA和GEO下载ccRCC的RNA测序数据和芯片数据,利用R语言筛选出差异基因.然后利用metascape进行通路和功能富集,利用STRING网站和Cyto-scape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,同时从PPI网络中筛选出关键基因.最后利用OncoLnc网站对CCL5、TYROBP、LILRB2和MMP9做生存分析.结果 总共筛选出660个差异基因,这些差异基因与白细胞迁移、细胞黏附调节和免疫应答正调节等通路密切相关.在PPI网络中,得到两个意义显著的功能模块和15个关键基因.在这15个关键基因中,CCL5、TYROBP、LILRB2和MMP9表达的高低与ccRCC患者的生存率明显相关.结论 通过对ccRCC基因表达谱芯片的生物信息学分析发现,CCL5、TYROBP、LILRB2和MMP9基因可能在ccRCC的发生发展过程中起重要作用.