基于TARGET数据库筛选儿童急性髓细胞白血病的关键基因和信号通路

摘要

目的应用生物信息学方法对TARGET数据库进行分析,筛选儿童急性髓细胞白血病(AML)相关差异基因及信号通路。方法从TARGET数据库下载AML患儿的临床信息和基因表达信息。采用R软件筛选低/中高危患儿的差异基因、初诊/复发患儿的差异基因。应用DAVID对差异基因进行富集分析。采用STRING和Cytoscape软件筛选枢纽(hub)基因。采用Cox回归分析hub基因与总生存期的关系。结果通过分析TARGET数据库AML患儿的基因表达数据集,获得96个与危险度分层和复发相关的差异基因,其中上调基因38个,下调基因58个。蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析鉴定出15个hub基因。上调的7个hub基因与危险度分层呈正相关(均P<0.05),下调的8个hub与危险度分层呈负相关(均P<0.05)。Cox回归分析结果显示,15个hub基因影响儿童AML患儿的总生存期,其中DNMT3B、DPP4、CENPE和H3C10是影响儿童AML患儿总生存期的独立危险因素。结论PPI网络分析鉴定出的15个hub基因可能是儿童AML潜在的分子标志物,为深入研究儿童AML的发病机制和治疗靶点提供方向。