云南金花茶转录组SSR的分布及其序列特征

摘要

分析云南金花茶转录组中的SSR位点信息及其序列分布特征,为SSR引物的大量开发奠定前期基础.利用MISA软件分析了云南金花茶转录组数据155011条Unigenes的SSR位点信息,在云南金花茶转录组中共检测到30435个SSR位点,出现频率为19.63％,平均3.46 kb就出现1个SSR位点.而重复基元类型从二核苷酸到六核苷酸均有出现,其中二核苷酸重复基元为主要类型,占SSR总数的71.44％;其次是三核苷酸,占SSR总数的25.48％;四核苷酸到六核苷酸仅占3.08％.AG/TC与CT/GA是二核苷酸的优势重复基元,分别占总基元的26.75％ 与25.17％;CTT/GAA与AGA/TCT是三核苷酸的优势重复基元,分别占总数的2.64％ 与2.23％.根据云南金花茶转录组测序结果,云南金花茶转录组的SSR位点出现的频率较高,具有丰富的基元类型,并且有较高的重复次数,具有较高的多态性潜力.随机选出50对设计的SSR引物用于检测,其中有14对引物能扩增出清晰且单一的谱带.对云南金花茶转录组数据中SSR位点信息进行分析,可为其SSR引物的设计与筛选、SSR遗传多样性分析以及种质资源的保护提供理论依据.