拟南芥CBF4基因位点的单核苷酸多态性(SNP)变化与抗旱表型的相应性

摘要

以生长于不同生态气候条件下的17个拟南芥(Arabidopsis thaliana)核心生态型为材料,分析了它们的相对抗旱性和抗旱转录因子CBF4基因的单核苷酸多态性(SNP).结果表明,不同的拟南芥生态型具有差异明显的抗旱性.与拟南芥Columbia生态型相比,25av、203av和244av生态型的CBF4基因位点具有高密度的SNP和插入/缺失(Indel),多态性的频率为每35.8 bp1个SNP,每143 bp 1个Indel.Tajima's D统计学检验结果显示各区域都不显著,说明该区域核苷酸变化符合中性突变假说,较高的核苷酸多样性是净化选择的结果.基因非编码区的多态性是编码区的4倍,表明编码区承受着更大的选择压力.在编码区,SNP的频率为每96.4bp1个SNP,其中1034位(以GenBankNo.AB015478序列第19 696位的核苷酸为1)碱基变化:G←→T,引起第205位氨基酸变化:gly←→val.而203ay形成的haplotype 6具有4个特异的SNP变化,其中5'端非编码区3个:27位的AG,129位的A←→C,171位的G←→A;3'端非编码区1个:1106位的A←→C.抗旱性鉴定结果表明203av拟南芥是抗旱性最强的一个生态型,研究认为haplotype 6与它较强的抗旱性表型相应.