稻瘟病菌Pot2引物扩增的部分片段同源性分析

摘要

用Pot2-rep-PCR方法获得的稻瘟病菌(Magnaporthe grisea)指纹图谱基本反映了中等重复倒位单元Pot2的拷贝数和在基因组中的分布,理论扩增最短片段长度应为1 199 bp.而在江苏和中国北方来源粳稻菌株中常发现有600 bp左右长度的条带.经回收测序该片段P1长度为606 bp,其中Pot2-1端384 bp命名为S1,与Pot2的对应序列完全同源,Pot2-2端222 bp命名为S2,与Pot2对应序列同源性达89.3%.以P1及Pot2引物对可扩增的理论片段范围内的另一新扩增片段P2作为探针分别与10个DNA指纹差异明显并均含606 bp片段的菌株PCR产物进行Southern杂交,结果为P1与Pot2 rep-PCR产物的每条带均有同源性,而P2与扩增产物的最小条带没有同源性,认为P1片段的产生原因为Pot2片段的部分缺失或者部分片段在基因组中移动后整合到另一个Pot2之前.