上海市柯萨奇病毒A6型流行株基因进化与选择压力分析

摘要

目的 对上海市柯萨奇病毒A6型(CVA6)流行株的基因进化和选择压力进行分析,为今后手足口病的防治提供理论依据.方法 选取美国国立生物技术信息中心(NCBI)数据库中的CVA6参考序列,与2011-2015年上海地区CVA6流行株的VP1基因序列进行比对,采用MEGA软件构建进化树;扩增2014-2015年上海地区CVA6流行株的全长基因序列,采用Bioedit软件计算氨基酸置换熵值,用Datamonkey在线软件预测正向选择位点.结果 基于VP1基因序列的进化树显示2011-2015年上海地区的CVA6流行株为D3、D6和D7亚型,2014年后为D7亚型.氨基酸置换熵值计算共获得39个熵值＞0.6的位点.选取FEL和IFEL模型分析分别发现3个和4个正向选择位点,VP1的595位和3D区的1 999位为分析获得的共同氨基酸变异位点.结论 2014-2015年,上海地区流行的CVA6属于D7亚型,VP1区未出现显著的基因变异,应继续保持对上海地区CVA6的基因进化趋势研究并密切关注基因变异情况.