黑龙江省HIV-1型流行株CRE01_AE env基因序列特征和传播簇分析

摘要

目的 分析黑龙江省HIV-1感染者中流行株CRF01_AE env基因序列特征以及成簇特性.方法 应用巢式聚合酶链反应(Nested polymerase chain reaction,Nested-PCR)对env C2-C4区核苷酸序列进行扩增.用MEGA软件进行系统进化分析,然后对156份CRF01 _AE重组型HIV-1毒株env基因V3环及邻近区域氨基酸特征分析以及生物信息学分析.结果 156份样本中绝大多数样本与中国黑龙江、吉林、辽宁的代表毒株聚成一簇,还有一小部分样本与来自中国云南以及泰国代表株90CM240、90CM235聚成一簇.共发现6种V3环顶端四肽类型,主要类型为GPGQ、GPGR,此外还有GLGR、GQGR、GPGK、GPGS.根据V3环的氨基酸分析可预测HIV-1辅助受体的使用情况,其中121份(77.6％)使用趋化因子受体5(chemokine reseptor,CCR5)作为辅助受体,没有可被预测为使用趋化因子受体4[chemokine(c-x-c matif)-receptor 4,CXCR4]为辅助受体的毒株,35份(22.4％)样本不能被预测.以bootstrap≥90％、基因距离≤0.045作为界定传播簇的参数,共形成16条传播簇,其中1条传播簇有9条序列.结论 黑龙江省HIV-1流行株CRF01_AE V3环顶端四肽具有较大的变异性,大部分毒株呈现巨噬细胞嗜性.CRF01_AE毒株形成的传播簇规模较小,成簇序列数也仅达到四分之一.