基于计算机平台构建活血化瘀中药3D结构数据库

摘要

目的:基于计算机平台构建活血化瘀中药3D结构数据库,以期为研究者提供一个直观的活血化瘀中药小分子配体库.方法:基于TCSMP数据库信息结合PubChem数据库得到活血化瘀中药化学成分.基于SYBYL2.1.1对活血化瘀中药小分子加氢、加电荷及能量优化处理.所有活血化瘀中药化合物3 D结构的生成通过SYBYL2.1.1中能量最小化模块实现.根据Lipinski规则筛选活血化瘀中药关键活性成分.结果:基于TCMSP收集活血化瘀中药化学成分1162个.从1162个活血化瘀中药化学成分共筛选出145个化学成分,符合Lipinski规则,具备氢键受体数(HBD)30％,类药性(DL)>0.18,脂水分配系数(AlogP)<5.结论:初步建立活血化瘀中药小分子配体库,可为研究者发现心血管疾病的先导化合物提供理论依据.