声明
摘要
缩略语表
1 前言
1.1 研究问题的由来
1.2 文献综述
1.2.1 3D基因组研究方法
1.2.2 3D基因组结构剖析
1.2.3 3D基因组建模方法
1.3 研究目的
2 材料与方法
2.1 数据来源
2.2 数据预处理
2.3 AutoChrom3D实现方法
2.3.1 染色质粗粒化
2.3.2 结构参数的确定
2.3.3 数据评估和过滤
2.3.4 交互强度的修正
2.3.5 空间距离的转化与标准化
2.3.6 3D染色质结构预测
2.4 ENCODE数据处理
2.4.1 选取的ENCODE数据介绍
2.4.2 ENCODE数据处理与归一化
2.5 建模区域的选择与比较
3 结果与讨论
3.1 测序深度对Hi-C数据的影响
3.2 选择不同结构参数对染色质结构建模的影响
3.3 AutoChrom3D流程总结
3.4 AutoChrom3D的应用
4 结论
参考文献
附录
致谢