白菜和甘蓝基因组转座子表达及其对基因调控的潜在影响

摘要

转座子或转座元件是大多数真核生物基因组的主要组成成分.甘蓝(Brassicaoleracea)基因组比白菜(B.rapa)大主要是转座子的扩增差异造成的.然而,这两个芸薹属近缘物种转座子表达水平以及对基因的调控和功能的影响目前还不清楚.文章对白菜和甘蓝叶、根、茎3个器官的转录组数据进行了初步分析.结果显示,转座子的表达量很低,转录组reads中有1％来自转座子的转录本;转座子的表达存在器官差异,且不同类别和家族的转座子表达量相差很大,相同类别和同一家族的转座子在白菜和甘蓝基因组中的表达活性也不相同.进一步鉴定到转录读出的LTR反转座子,其与下游基因距离小于2 kb的有41个,小于100 bp的有9个,这些LTR的转录读出很可能通过正义或反义的转录本激活或干扰下游基因的表达.同时,具有转录读出的intact LTR比solo LTR具有更强的读出活性.通过深入分析转座子的插入位点发现,白菜基因组中转座子插入基因内部的频率比甘蓝基因组中的高;与反转座子相比,DNA转座子更偏向于插入或保留在基因的内含子当中.这些结果为认识转座子对其他蛋白编码基因的影响提供了基础.