印尼虎鱼RAD-seq数据中微卫星标记的初步筛选及特征分析

摘要

采用RAD-seq(Restriction-site associated DNA sequencing)对印尼虎鱼(Datnioides Pulcher)进行简化基因组测序,获得13308806个高质量干净读长(HQ clean reads),利用SSR搜索软件在所得序列中共检测到26359个SSR位点,由496种重复基序组成,主要分布在三、 四、 五碱基重复类型中,单碱基重复序列中最多的类型为A/T,二碱基重复序列中以AC/GT和AG/GT重复单元为主,三碱基重复序列中以AGG/CCT、AGC/CTG、AGG/CCT为优势类型;在数量上,二碱基重复类型SSR位点最多(19492个),占总SSR位点的73.95％;除了单核苷酸类型外,SSR基序的重复次数主要集中在4-9之间,多态性SSR数目为2783个.根据SSR位点两翼序列,利用Primer 5.0成功设计出20066对SSR引物,引物设计成功率为76.13％,依据测序数据中的重复类型和重复数,随机选择100个二至五碱基重复类型SSR在6个虎鱼样本中验证其可用性和多态性,有73对引物通过扩增可获得有效目的片段,其中20个SSR验证为具有多态性.开发所得SSR序列可用于印尼虎鱼及其近缘物种遗传分析、 遗传图谱构建以及分子标记辅助育种等工作,同时也证实了利用简化基因组测序技术开发SSR标记和发现样品间具有多态性的SSR标记的可行性.