基于SLAF-seq技术的(鱇)浪白鱼SNP位点开发

摘要

为进一步开展(鱇)浪白鱼的分子生物学研究,采用SLAF-seq(specific length amplification fragmentsequencing)技术获取(鱇)浪白鱼大量多态性SLAF标签,进而通过序列分析开发一批特异性高的单核苷酸多态性(SNP)标记.试验共获得688615个SLAF标签,平均测序深度为107.73 x,其中多态性SLAF标签205138个,通过序列分析检测到487639个SNP标记.试验表明,SLAF-seq技术可较好地用于(鱇)浪白鱼SNP位点开发,其效率远远高于ISSR(inter-simple sequence repeat)、AFLP(amplified fragment length polymorphism)、RAPD(random amplified polymorphism DNA)等传统分子标记技术.从全基因组范围获得的SNP位点标记可用以进一步完成后续群体进化分析和特异性SNP标记的开发.