SNP位点

摘要： 旨在对几个中国地方猪品种进行群体遗传结构分析,并筛选与中国地方猪产仔数相关的基因组选择信号及候选基因。本研究下载了6个中国地方品种猪共计102头个体的Illumina PorcineSNP60芯片数据,构建了包括19头迪庆藏猪、16头明光小耳猪、16头五指山猪在内的低产仔数组和包括11头姜曲海猪、20头蓝塘猪、20头梅山猪在内的高产仔数组,经质控和基因型填充后,使用软件进行亲缘关系分析、主成分分析、连锁不平衡衰减分析、群体遗传结构分析、进化树构建和选择信号分析,并对受选择位点进行基因定位和功能富集分析。对数据进行质控和基因型填充后共获得33285个SNPs位点,6个中国地方猪品种间个体的亲缘关系较远,品种内个体亲缘关系较近;6个群体的LD衰减速度都非常快,依次为梅山猪<蓝塘猪<姜曲海猪<明光小耳猪<五指山猪或迪庆藏猪;梅山猪群体内存在3个亲缘关系较高的小群体,明光小耳猪有部分个体与迪庆藏猪聚集在一起,各个猪种在进化树的距离与其地理距离较为一致。选择信号分析共筛选到176个受选择的SNPs位点,在其上、下游12.68 kb范围内共检测到66个候选基因,富集到6条信号通路。通过文献查阅发现5个可能与繁殖性状相关的基因,其中CHD7与生长发育迟缓和生殖器异常相关,FBXO43与繁殖力相关并且影响呈圆周运动的精子数量,RUNX1控制雌激素、雄激素和前列腺素的分泌,STRBP与卵巢发育有关,TEDDM1在附睾中特异性表达。CHD7、FBXO43、RUNX1、STRBP和TEDDM1基因可能作为中国地方猪产仔数性状的候选基因。

摘要： 【目的】通过全基因组关联分析,定位影响杜长大商品猪肌内脂肪含量的相关SNP位点及其重要候选基因,为利用分子生物学方法改良猪肌内脂肪含量提供科学依据。【方法】选取981头杜长大商品猪,包括阉割公猪447头、母猪534头,所有试验猪均在统一条件下饲养至150日龄后进行屠宰测定,屠宰后利用索氏浸提法对肌内脂肪含量进行测定。利用GeneSeek GGP 50K芯片进行基因分型,使用rMVP软件包的FarmCPU模型对肌内脂肪含量性状进行全基因组关联分析。【结果】杜长大商品猪平均肌内脂肪含量达2.27%,其变异系数为34.24%,基因组遗传力(h2)为0.39,属于中等遗传力性状,表明该性状具有较大的遗传改良空间。经质控后,剩余30600个SNPs位点用于全基因组关联分析,共发现有8个潜在SNPs位点与肌内脂肪含量相关,分别分布在2、3、5、11、12、13和14号染色体上。利用Gene Ontology数据库对可能影响肌内脂肪含量的候选基因进行GO功能注释分析,发现这些候选基因参与的代谢通路包括肌肉发育代谢过程、器官生长代谢、基因表达调控及RNA转录等生物学代谢过程,但主要以肌肉生长发育代谢通路为主,表明肌内脂肪含量与肌肉生长发育之间存在紧密联系。【结论】利用高密度芯片进行全基因组关联分析,发现有8个SNPs位点与肌内脂肪含量相关;根据基因生物学功能及相关研究文献,C2orf74、HS6ST3和ROBO2基因主要参与细胞增殖分化及脂肪代谢等生物学过程,可作为影响肌内脂肪含量的重要候选基因。

摘要： 【目的】明确F_(3)代波杂山羊XKR4基因多态性与生长性状的关联性,筛选出优异基因为后期培育新品系提供理论依据。【方法】以F_(3)代波杂山羊为研究对象,通过血液DNA混池测序鉴定XKR4基因SNP位点,统计SNP位点的等位基因频率、基因型频率、遗传纯合度(Ho)、期望杂合度(He)、有效等位基因数(Ne)及多态信息含量(PIC)等,以卡方(χ^(2))检验分析基因型是否处于Hardy-Weinberg平衡状态,并利用SPSS 25.0分析不同基因型与F_(3)代波杂山羊生长性状的关联性。【结果】F_(3)代波杂山羊XKR4基因Intron-1区域存在2个SNPs位点,分别是C194069A和T194091A。C194069A位点的等位基因频率中C>A,优势基因型为CC型;T194091A位点的等位基因频率中T>A,优势基因型为TT型;C194069A和T194091A位点均处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。关联分析结果表明:在初生群体中,T194091A位点AA基因型与其他基因型的体斜长存在显著差异(P0.05,下同);在6月龄群体中,C194069A和T194091A位点AA基因型的体重分别与相应位点的CC基因型和TT基因型存在显著差异;在12月龄群体中,C194069A位点AA基因型在体重和胸围方面均极显著优于CC基因型(P<0.01,下同),在体高方面与CC基因型存在显著差异,T194091A位点AA基因型的体重、体斜长分别与TT基因型呈显著或极显著差异。此外,在0~6月龄和0~12月龄,C194069A和T194091A位点AA基因型的日增重与CC基因型和TT基因型分别存在呈显著或极显著差异。【结论】F_(3)代波杂山羊XKR4基因存在2个SNPs位点(C194069A和T194091A),且均表现为AA基因型个体的生长性能优于其他基因型个体,即XKR4基因可作为F_(3)代波杂山羊生长性状的候选基因。

摘要： 利用3年表型和重测序数据分别对11个冀花高油酸花生品种进行主成分分析和聚类分析。结果发现,15个性状中脂肪含量变异系数最小为1.91%,除亚油酸外产量性状变异均大于品质变异系数,百果重与百仁重呈极显著正相关,油酸和亚油酸呈极显著负相关。主成分分析提取的前2个主成分累计贡献率达78.99%,利用表型性状对品种进行分类,结果与系谱关系部分一致。质控后获得320000个分布均匀的高质量SNP位点,利用基因型数据将11个品种聚为4类,能够将同一组合衍生品种划分为同一类,结果与品种系谱关系一致。因此,利用基因型数据更能准确反映品种内在遗传基础,为种质资源的分类和利用提供参考。

摘要： 目的研究CDKN2A/B相关基因位点突变与颅内动脉瘤形成的关系。方法病例组82例为安阳市人民医院神经外科在2017-2021年间收治的开颅夹闭颅内动脉瘤患者。对照组为该院同期收治的入院头CTA检查无颅内动脉瘤的头外伤患者,共114例。两组均使用SNP基因分型,对病例组不同基因型的动脉瘤壁组织内CDKN2A/B基因翻译、表达的产物进行对比分析。结果动脉瘤壁内表达CD⁃KN2A/B基因产物p15INK4b/p16INK4a蛋白,rs10757272位点等位基因T的频率高于对照组(P=0.029,OR=1.658,95%CI:1.051~2.614),rs10757272位点在T/T基因型动脉瘤瘤壁组织中p16INK4a(P<0.001)/p15INK4b(P=0.014)mRNA低水平转录,在T/T基因型中p15INK4b蛋白为低水平表达(P=0.027),p16INK4a蛋白的表达水平差异无统计学意义(P=0.089),但是有相似的低表达趋势。结论rs10757272位点的突变通过影响细胞周期抑制基因CDKN2A/B的表达,影响动脉瘤壁组织细胞的塑性,参与动脉瘤的形成过程。

摘要： 对作孚连蕊茶(Camellia tsofui S.S.Chien)3个单株(分别采自重庆缙云山和浙江国际山茶物种园)的主要形态特征进行观测和比较,并采用Super-GBS技术进行SNP位点相似度分析。与原始文献描述相比,作孚连蕊茶在原生境和迁地栽培环境存在以下变异:生活型为灌木或小乔木,花顶生和腋生,花蕾白色或紫红色,花梗及萼片总长6~12 mm,游离花丝疏被毛或近无毛,柱头3裂,裂片长不足1 mm,或1~3 mm。此外,幼叶绿色或紫红色;蒴果近球形,横径5~13 mm,1室,种子1粒;种子近球形,深褐色。作孚连蕊茶3个单株两两之间的SNP位点相似度均在93%以上,为作孚连蕊茶的种内变异。

摘要： 【目的】Wnt信号通路在动物皮肤毛囊的发生发育中具有重要作用,前期研究结果表明Wnt3a可能是影响鸡皮肤毛囊密度性状的重要候选基因。为进一步验证Wnt3a在皮肤毛囊生长发育中的作用,研究以金陵花鸡为研究对象,筛选Wnt3a SNPs,并分析其与毛囊密度性状的相关性,以期找到对皮肤毛囊密度有显著影响的分子标记,为培育屠体美观的屠宰型肉鸡的“分子编写育种”提供参考。【方法】采用PCR扩增直接测序法对Wnt3a的SNPs位点进行筛查,分析单个SNP标记与皮肤毛囊密度性状的相关性。采用Haploview软件分析这些SNP位点的连锁不平衡(LD)程度,并分析不同单倍型组合与毛囊密度性状的相关性。【结果】共发现14个SNP位点,在第2外显子发现1个SNP位点(SNP1),为同义突变;第2内含子发现4个突变位点(SNP2—SNP5),在第3内含子发现9个SNP位点(SNP6—SNP14)。卡方检验表明,第2外显子的1个突变位点(SNP1)和第2内含子的3个突变位点(SNP3—SNP5)的3个位点均处于哈代-温伯格平衡状态(P>0.05),第3内含子的9个SNPs(SNP6-SNP14)偏离哈代-温伯格平衡(PA)和SNP8(rs2555967G>A)位点与毛囊密度显著相关,8个SNPs(SNP6—SNP13)位点处于强连锁不平衡,母鸡H1H1单倍型毛囊密度最大。Wnt3a的SNP2和SNP8位点的单倍型组合H1H1(AGAA)、H1H2(AGAG)和SNP6—SNP13连锁产生的H1H1(AACCAATTTTAATTCC)单倍型组合与母鸡毛囊密度显著相关,可以为鸡毛囊密度“分子编写育种”提供重要遗传信息。

摘要： 为探究N-乙酰-β-D-氨基葡萄糖苷酶基因(NAGase)对中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)耐高pH性状的影响,本研究采用直接测序法及实时荧光定量PCR法检测FcNAGase的多态性,并分析其与中国对虾耐高pH性状的相关性.通过直接测序,在FcNA Gase上共检测到29个潜在的SNP位点,分布频率为1.13/100 bp,其中,内含子的突变频率为0.35/100 bp,外显子的突变发生频率为0.78/100 bp.通过荧光定量PCR方法在中国对虾耐高pH性状分离群体中共检测到14个具有多态性的SNP位点,其中,观测杂合度(Ho)为0.25810.9390,期望杂合度(He)为0.0595～0.4490,多态信息含量(PIC)为0.0574～0.3731;利用卡方检验进行关联性分析,发现2个与中国对虾耐高pH性状显著相关的位点(P＜0.05),分别为P12 (P=0.036)和P27 (P=0.018),本研究结果可为中国对虾分子标记辅助育种研究提供基础数据和方法.

摘要： 鄂薯和华薯系列马铃薯品种是由湖北恩施中国南方马铃薯研究中心和华中农业大学马铃薯团队选育而成的品种.鄂薯系列马铃薯品种大多为中晚熟品种,适合西南山区种植;华薯系列马铃薯品种多为早熟品种,适于华中低山丘陵和平原地区种植.研究对2个系列品种部分晚疫病抗病基因进行了分子标记检测,同时对几个水平抗性相关基因SNP位点进行了检测.研究表明,鄂薯、华恩和华薯系列部分马铃薯品种含有R3a、R3b基因,鄂薯和华恩系列含有R8基因.总体上R8标记与抗性存在正向关联.部分马铃薯品种中可以检测到一些已报道与田间抗性有关的SNP位点,但品种晚疫病抗性表现与SNP位点分布无明显关联.

摘要： 为验证和挖掘山羊产羔性状的分子标记和主效基因,选取前期研究获得的位于云上黑山羊28号染色体上3个与产羔数性状存在潜在关联的SNPs位点(rs268286450、rs268286391和rs268244272),采用MassARRAY飞行质谱列阵技术对541个云上黑山羊DNA样本进行SNP分型,并结合其产羔数进行关联分析.结果显示,3个SNPs位点均存在多态性,rs268286450位点在28号染色体第28498787 bp处发生C→T碱基突变,rs268286391位点在28号染色体第30971277 bp处发生A→C碱基突变,rs268244272位点在28号染色体第2707491 bp处发生T→C碱基突变,3个位点多态信息含量(P IC)分别为0.36、0.32和0.21;rs268286450和rs268286391位点处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P0.05);rs268244272位点存在3种基因型CC、TT和TC,TT基因型频率为0.75,为野生基因型,TC基因型频率为0.22,为突变基因型,3种基因型最小二乘均值比较显示,TC基因型产羔数最小二乘均值与TT基因型差异极显著(P0.05),TT与CC基因型产羔数最小二乘均值差异也不显著(P>0.05),TC基因型云上黑山羊产羔数上调.关联分析结果显示,rs268286450和rs268286391位点多态性与云上黑山羊产羔数关联不显著(P>0.05),rs268244272位点多态性与产羔数性状存在显著相关(P<0.05).综上,云上黑山羊28号染色体上rs268244272位点多态性与产羔数性状显著相关,可作为云上黑山羊产羔数性状的分子标记在其高繁品系选育中加以应用.

摘要： 从正常笼养树鼩腹部的脂肪转录组数据开发SNP分子标记.检测了6只动物共计274278568条unigene(总长度43138417bp)序列信息后,在262980条unigene(5.75％)中发现SNP位点263071个,SNP发生频率为1/164bp,其中转换(transition)177562个,颠换(transversion)85509个.在所有变异类型中,A/G和C/T发生频率最高,分别达33.85％和33.66％.将包含SNP位点的262980条unigene通过参比序列进行注释,并对其进行GO分类、COG分类注释和代谢通路注释(KEGGpathway),结合已有研究,分别筛选到1187个有GO注释、77个有COG注释和1080条个有KEGG通路注释的脂肪转录组中的可能与脂肪形成和代谢有关的SNP标记.

摘要： 从正常笼养树鼩腹部的脂肪转录组数据开发SNP分子标记.检测了6只动物共计274278568条unigene(总长度43138417bp)序列信息后,在262980条unigene(5.75％)中发现SNP位点263071个,SNP发生频率为1/164bp,其中转换(transition)177562个,颠换(transversion)85509个.在所有变异类型中,A/G和C/T发生频率最高,分别达33.85％和33.66％.将包含SNP位点的262980条unigene通过参比序列进行注释,并对其进行GO分类、COG分类注释和代谢通路注释(KEGGpathway),结合已有研究,分别筛选到1187个有GO注释、77个有COG注释和1080条个有KEGG通路注释的脂肪转录组中的可能与脂肪形成和代谢有关的SNP标记.

摘要： 从正常笼养树鼩腹部的脂肪转录组数据开发SNP分子标记.检测了6只动物共计274278568条unigene(总长度43138417bp)序列信息后,在262980条unigene(5.75％)中发现SNP位点263071个,SNP发生频率为1/164bp,其中转换(transition)177562个,颠换(transversion)85509个.在所有变异类型中,A/G和C/T发生频率最高,分别达33.85％和33.66％.将包含SNP位点的262980条unigene通过参比序列进行注释,并对其进行GO分类、COG分类注释和代谢通路注释(KEGGpathway),结合已有研究,分别筛选到1187个有GO注释、77个有COG注释和1080条个有KEGG通路注释的脂肪转录组中的可能与脂肪形成和代谢有关的SNP标记.

摘要： 从正常笼养树鼩腹部的脂肪转录组数据开发SNP分子标记.检测了6只动物共计274278568条unigene(总长度43138417bp)序列信息后,在262980条unigene(5.75％)中发现SNP位点263071个,SNP发生频率为1/164bp,其中转换(transition)177562个,颠换(transversion)85509个.在所有变异类型中,A/G和C/T发生频率最高,分别达33.85％和33.66％.将包含SNP位点的262980条unigene通过参比序列进行注释,并对其进行GO分类、COG分类注释和代谢通路注释(KEGGpathway),结合已有研究,分别筛选到1187个有GO注释、77个有COG注释和1080条个有KEGG通路注释的脂肪转录组中的可能与脂肪形成和代谢有关的SNP标记.

摘要： 从正常笼养树鼩腹部的脂肪转录组数据开发SNP分子标记.检测了6只动物共计274278568条unigene(总长度43138417bp)序列信息后,在262980条unigene(5.75％)中发现SNP位点263071个,SNP发生频率为1/164bp,其中转换(transition)177562个,颠换(transversion)85509个.在所有变异类型中,A/G和C/T发生频率最高,分别达33.85％和33.66％.将包含SNP位点的262980条unigene通过参比序列进行注释,并对其进行GO分类、COG分类注释和代谢通路注释(KEGGpathway),结合已有研究,分别筛选到1187个有GO注释、77个有COG注释和1080条个有KEGG通路注释的脂肪转录组中的可能与脂肪形成和代谢有关的SNP标记.

摘要： 本试验构建了大白猪×民猪F2设计资源群体共369头,成功获得F2代个体294头,F2代个体于240±7d采集血样.采用全基因组关联研究(GWAS)的方法,在猪的全基因组中检测与白细胞功能性状CD4+显著关联SNP位点,挖掘SNP位点附近的候选基因并开展初步的功能验证.结果发现在13号染色体上存在两个影响CD4+表达的显著性SNP位点,对于显著SNP位点进行基因定位,确定了距两个显著SNP位点最近的基因EAF1和SATB1.通过基因功能分析,SATB1可作为CD4+性状主效候选基因.

摘要： 本试验构建了大白猪×民猪F2设计资源群体共369头,成功获得F2代个体294头,F2代个体于240±7d采集血样.采用全基因组关联研究(GWAS)的方法,在猪的全基因组中检测与白细胞功能性状CD4+显著关联SNP位点,挖掘SNP位点附近的候选基因并开展初步的功能验证.结果发现在13号染色体上存在两个影响CD4+表达的显著性SNP位点,对于显著SNP位点进行基因定位,确定了距两个显著SNP位点最近的基因EAF1和SATB1.通过基因功能分析,SATB1可作为CD4+性状主效候选基因.

摘要： 本试验构建了大白猪×民猪F2设计资源群体共369头,成功获得F2代个体294头,F2代个体于240±7d采集血样.采用全基因组关联研究(GWAS)的方法,在猪的全基因组中检测与白细胞功能性状CD4+显著关联SNP位点,挖掘SNP位点附近的候选基因并开展初步的功能验证.结果发现在13号染色体上存在两个影响CD4+表达的显著性SNP位点,对于显著SNP位点进行基因定位,确定了距两个显著SNP位点最近的基因EAF1和SATB1.通过基因功能分析,SATB1可作为CD4+性状主效候选基因.

摘要： 本试验构建了大白猪×民猪F2设计资源群体共369头,成功获得F2代个体294头,F2代个体于240±7d采集血样.采用全基因组关联研究(GWAS)的方法,在猪的全基因组中检测与白细胞功能性状CD4+显著关联SNP位点,挖掘SNP位点附近的候选基因并开展初步的功能验证.结果发现在13号染色体上存在两个影响CD4+表达的显著性SNP位点,对于显著SNP位点进行基因定位,确定了距两个显著SNP位点最近的基因EAF1和SATB1.通过基因功能分析,SATB1可作为CD4+性状主效候选基因.

摘要： 本试验构建了大白猪×民猪F2设计资源群体共369头,成功获得F2代个体294头,F2代个体于240±7d采集血样.采用全基因组关联研究(GWAS)的方法,在猪的全基因组中检测与白细胞功能性状CD4+显著关联SNP位点,挖掘SNP位点附近的候选基因并开展初步的功能验证.结果发现在13号染色体上存在两个影响CD4+表达的显著性SNP位点,对于显著SNP位点进行基因定位,确定了距两个显著SNP位点最近的基因EAF1和SATB1.通过基因功能分析,SATB1可作为CD4+性状主效候选基因.

摘要： 本发明公开了一种近交系遗传质量监控的SNP快速检测方法，首先SNP panel设计：选取近交系小鼠品系，筛选与其它品系特异性区分位点和常规遗传质量监控位点，前者以染色体为单位，SNP panel中应包括至少5对含特异性区分位点的染色体，且每对染色体应含有2个以上特异性区分位点；后者在特异性区分位点的基础上，按照每对染色体4‑5个等间距位点原则将SNP panel的位点补足为96个；然后设计SNP位点引物；再提取样本DNA，用KASP法进行基因分型，并与NCBI上的SNP位点信息比较，完成近交系小鼠遗传质量监控。本发明还公开了一种近交系遗传质量监控的SNP位点及SNP位点引物。

摘要： 本发明提供了官庄花猪SNP位点及其建立方法与应用，属于动物分子生物技术及动物遗传育种领域。本发明提供官庄花猪SNP位点，具有明显的官庄花猪的种属特异性，实用性较强，具备较好开发和应用前景，将官庄花猪SNP位点及检测该SNP位点的检测引物应用于制备SNP芯片或检测试剂盒，并将SNP芯片或检测试剂盒应用官庄花猪种质鉴定中，具有较好的检测结果，为种质鉴定提供较好的数据支撑，具有较好的社会价值和实际推广应用值。

摘要： 本发明涉及用于鉴定狼山鸡种特异性的SNP标记及测定SNP位点的方法。采用特异性SNP位点进行鉴定。本发明根据结果得到的是与其他鸡种相比存在差异的一些SNP位点。根据这些SNP位点的差异，可以把黑羽狼山鸡在不同鸡种中鉴别出来。应用这种分子标记鉴定鸡种，操作相对简单，特异性高而且重复性高，为家禽品种资源的正确保存和合理利用增添了新的科学依据。

摘要： 本发明涉及用于鉴定鹿苑鸡种特异性的SNP标记及测定SNP位点的方法。采用特异性SNP位点进行鉴定。本发明根据结果得到的是与其他鸡种相比存在差异的一些SNP位点。根据这些SNP位点的差异，可以把鹿苑鸡在不同鸡种中鉴别出来。应用这种分子标记鉴定鸡种，操作相对简单，特异性高而且重复性高，为家禽品种资源的正确保存和合理利用增添了新的科学依据。

摘要： 本发明涉及分子生物学技术领域，提供了一种用于马鹿血源含量检测的SNP位点、筛选方法、对应SNP芯片及应用。本发明在构建鹿系统发育树的基础上，采用群体间遗传分化指数Fst对重测序结果中的SNP位点进行筛选，并通过排除中侧翼序列、探针设计侧的干扰序列和G‑C转变和A‑T转变位点，进一步提高得到的SNP位点质量，最终得到大量能够用于杂交鹿血源含量评价的SNP位点，这些SNP位点组合作为芯片应用于杂交鹿血源含量检测时，能够精准区分F1～F3代杂交鹿，对梅花鹿保种、育种和鹿茸生产中具有重大应用价值。

摘要： 本发明涉及提高非编码区域距离＜50bp的SNP中具有功能效应的SNP位点检测准确率的方法。本发明双荧光素酶报告基因检测或核蛋白抽提物凝胶迁移EMSA实验的实验组采用紫外光诱导培养细胞，对照组采用常规方法培养细胞，分别对实验组和对照组进行双荧光素酶报告基因检测，分别对实验组和对照组非编码区域距离不大于50bp的SNP中相应SNP位点进行统计学差异比较，其中统计学差异

摘要： 本申请涉及本发明涉及育种生物检测领域，具体地涉及湖羊MC4R基因SNPg.732 C→G基因SNP位点检测引物及检测试纸条和应用。湖羊MC4R基因SNPg.732 C→G基因SNP位点检测引物，该检测引物由以下序列的引物构成：MC4R‑732‑F‑C：CGATCACCATCAGTGCCATCT；MC4R‑732‑F‑G：CGATCACCATCAGTGCCATGT；MC4R‑R：GATCAGGATGGTCAGCGTGATC。该检测引物针对突变区域设计特异性强、扩增效率高，利用现阶段PCR试剂可以对动物全血进行直接扩增的特性，同时结合核酸试纸条结果检测的快速简便特性，能够建立筛选上述突变位点的核酸试纸条反应体系，并建立不同基因型快速检测方法。

摘要： 本发明提供了上杭槐猪SNP位点及其建立方法与应用，属于动物分子生物技术及动物遗传育种领域。本发明提供上杭槐猪SNP位点，具有种属特异性，实用性较强，具备较好开发和应用前景，将上杭槐猪SNP位点及检测该SNP位点的检测引物应用于制备芯片或检测试剂盒，并应用上杭槐猪种质鉴定中，具有较好的检测结果，为种质鉴定提供较好的数据支撑，具有较好的社会价值和实际推广应用值。

摘要： 本发明提供了官庄花猪SNP位点及其建立方法与应用，属于动物分子生物技术及动物遗传育种领域。本发明提供官庄花猪SNP位点，具有明显的官庄花猪的种属特异性，实用性较强，具备较好开发和应用前景，将官庄花猪SNP位点及检测该SNP位点的检测引物应用于制备SNP芯片或检测试剂盒，并将SNP芯片或检测试剂盒应用官庄花猪种质鉴定中，具有较好的检测结果，为种质鉴定提供较好的数据支撑，具有较好的社会价值和实际推广应用值。

摘要： 本发明公开了一种近交系遗传质量监控的SNP快速检测方法，首先SNP panel设计：选取近交系小鼠品系，筛选与其它品系特异性区分位点和常规遗传质量监控位点，前者以染色体为单位，SNP panel中应包括至少5对含特异性区分位点的染色体，且每对染色体应含有2个以上特异性区分位点；后者在特异性区分位点的基础上，按照每对染色体4‑5个等间距位点原则将SNP panel的位点补足为96个；然后设计SNP位点引物；再提取样本DNA，用KASP法进行基因分型，并与NCBI上的SNP位点信息比较，完成近交系小鼠遗传质量监控。本发明还公开了一种近交系遗传质量监控的SNP位点及SNP位点引物。