人结肠癌第二代RNA 测序数据的计算生物学研究流程

摘要

目的以人结肠癌RNA测序数据分析为例，介绍新一代高通量中的RNA-seq技术在转录组与基因表达谱方面的应用。方法基于Linux平台的开源分析软件和人结肠癌RNA测序数据，建立完整的RNA-seq测序数据处理和分析流程，并对其中的软件选择、质量控制、下游分析进行讨论。结果基于现有主流的RNA-seq计算生物学分析技术，建立起了一套免费开源的RNA测序计算生物学处理和分析流程，并从中鉴定出了数个在结肠癌表达中存在显著差异的基因。结论这项研究为RNA-seq数据清理、计算建模和分析提供了具有良好操作性的方案。作为一个临床肿瘤RNA-seq研究范本，以供从事于类似研究的临床科研工作者参考。