基于生物信息学方法分析E3泛素连接酶DTL在肝细胞癌中的表达与预后意义

摘要

目的:探讨E3泛素连接酶DTL(dentideless E3 ubiquitin ligase)在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)组织中的表达及预后价值。方法:从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中下载获得374例HCC组织和50例癌旁正常组织的转录组数据;从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载GSE121248数据集,获得包括70例HCC组织和37例癌旁正常组织的转录组数据。比较HCC组织与癌旁正常组织中DTL的表达水平。采用Kaplan-Meier法进行生存分析,并采用log-rank检验比较DTL高表达组与DTL低表达组HCC患者总生存率、无进展间期生存率的差异。HCC患者不良预后的危险因素采用Cox回归分析。绘制DTL表达水平诊断HCC的受试者操作特征(receiver operator characteristic,ROC)曲线。利用基于多因素Cox回归分析的列线图预测DTL对HCC患者预后的影响。同时对DTL高表达组与DTL低表达组HCC组织的差异表达基因进行GSEA富集分析。结果:DTL在HCC组织中的表达水平高于癌旁正常组织(P<0.001)。DTL高表达组与DTL低表达组HCC患者年龄、人种、AFP水平、病理分级、病理分期、T分期差异均有统计学意义(P均<0.05)。Kaplan-Meier法生存分析结果显示,与DTL低表达组HCC患者相比,DTL高表达组HCC患者总生存率和无进展间期生存率均较短(P=0.005,P<0.001)。ROC曲线显示,DTL表达水平对HCC有较强的诊断能力[曲线下面积(area under the curve,AUC)为0.96]。通过构建列线图发现,DTL表达的C指数为0.663(95%CI为0.54~0.61)。GSEA富集分析结果显示,DTL可能通过影响细胞周期、染色体维持、DNA复制、G2/M检查点、有丝分裂期、TP53转录调控等通路影响HCC的发生发展。