人源甲型H3N2流感病毒HA基因进化特征分析(1990-2013)

摘要

长期以来,甲型H3N2流感病毒一直是威胁人类健康的重要病原体之一,对其变异规律进行深入的分析研究在流感的防治工作中具有重要的意义,其中对血凝素(HA)基因变异的研究工作最为重要.对1990年～2013年全球甲型H3N2流感病毒血凝素的基因和进化特征进行研究.从NCBI的流感病毒数据库下载1990年～2013年人源甲型H3N2流感病毒HA基因样本,采用数值映射和PCA聚类的方法进行序列分析和进化研究,并用MATLAB绘制聚类图直观表示结果.PCA分析中前两个主成分占93.88％.聚类图中1990-1999年,2000-2005年,2006-2013年数据聚类成三部分,但是这三部分并没有特别明显的间隔.三维图中数据呈现为比较连续的曲线.结论 1990年～2013年期间甲型H3N2流感一直渐进的进化,但并未出现大的基因重组,并没有使血凝素基因特性发生明显改变.