基于组成成分的元基因组分类算法分析与研究

摘要

元基因组学是计算生物学领域的一个重要分支,主要研究环境中微生物群落的基因组。元基因组分类算法是用计算机程序对一个样本中的多个不同种属的微生物基因序列分离开来,以提供给生物学家进行深入研究的参考。元基因组分类算法主要分为两大类,一是基于同源性的分类,二是基于组成成分的分类。基于同源性分类主要利用序列的物种同源性信息,基于组成成分的分类方法通常提取序列的l-mer特征利用计算机科学领域的聚类方法,如k-means聚类。该文介绍基于组成成分的元基因组分类算法及其实例,并分析各实例算法的特点。最后总结并展望基于组成成分的元基因组算法当前方法及未来可以做的优化。