lncRNA DLEU2转录调控因子的生物信息学分析

摘要

目的探讨lncRNA DLEU2转录调控因子的结构特征及其与lncRNA DLEU2结合位点。方法利用生物信息学工具分析lncRNA DLEU2转录调控因子的理化性质、结构、跨膜区、信号肽和亚细胞定位,预测转录因子与lncRNA DLEU2的结合位点。结果等电点分析表明转录调控因子CTCF、MAX、ELF1、YY1、USF1等电点小于7.0,POLR2A、FOXA1、BHLHE40、CEBPB、ATF3等电点大于7.0;脂溶指数分析显示,上述10个转录调控因子的脂溶指数均小于100,均为疏水性蛋白;不稳定指数分析结果显示,本研究中10个转录调控因子的不稳定指数大于40,均为不稳定蛋白;上述所有转录调控因子二级结构均由α-螺旋、无规则卷曲和扩展链结构3种形式组成;上述转录调控因子中并未发现跨膜蛋白和信号肽结构;亚细胞定位分析发现,除YY1定位为细胞质中,其他转录因子均位于细胞核;同时预测出上述10个转录调控因子与lncRNA DLEU2的结合位点。结论lncRNA DLEU2转录调控因子呈现多样性特征,可能有助于对lncRNA DLEU2转录表达调控机制的深入研究,研究结果将有助于开展基于lncRNA DLEU2相关癌症治疗药物的筛选。