日本扁柏核基因组微卫星的分离与鉴定

摘要

以日本扁柏 4个种源的DNA样品为材料 ,经NdeⅡ酶切并电泳后回收 30 0～ 10 0 0bpDNA片段 ,与含有生物素标记的 (CT) 15探针杂交 ,再用磁珠 (Dynabeads M2 80streptavitinbeads)固定杂交产物 ,成功地实现了日本扁柏核基因组微卫星的高效分离。以pUC118BamHⅠ /BAP为载体 ,E .coli为寄主 ,构建了日本扁柏 2个富含微卫星的基因组文库 ,共获得 2 2 0 0多个阳性克隆。从构建的基因组文库中 ,随机挑选 4 80个阳性克隆进行测序 ,发现含有微卫星的克隆比例高达 6 5 6 % ,其中 2 15个非同源性克隆共含有 380个微卫星位点 ,平均每个克隆含 1 7个。微卫星种类以与探针 (CT) 15互补的 (GA/CT) n 为主 ,占 86 1% ,同时还存在 (TG/AC) n和 3～ 4个碱基为单元构成的微卫星 ,如 (ATAG) n、(CAGA) n、(TGA) n、(ACG) n、(TCA) n、(TCT) n 等。利用Oligo 5 1软件为 114个含有微卫星的克隆共 12 8个微卫星位点设计出了PCR扩增引物。