自然发生SARS病例的病毒基因溯源分析

摘要

目的SARS病毒基因分型特别有助于病毒的溯源和控制。方法对GenBank登记的SARS病毒和SARS样病毒等有关病毒序列进行了分析,以牛冠状病毒,鸟冠状病毒和冠状病毒科的Breda病毒为外组,构建了SARS病毒和SARS样病毒系统进化树,并进行单核苷酸变异分析。结果发现两次SARS自然流行的病毒可分为两个明显不同的聚类;首次把第二次流行时从人类中分离的SARS病毒和从果子狸等动物中分离的SARS样病毒分为H和P基因型;H/P型的主要依据在病毒的非结构多蛋白基因序列而不是Spike基因序列。结论两次SARS自然流行的病毒可能以不同的特性感染人类而不是简单的重复。结合流行病学资料,对第二次流行时的SARS病毒进行分子水平的溯源分析,前两例指标患者的病毒和果子狸等动物的SARS样病毒基因序列的直接关系仍不明确。并对SARS病毒的原型、蝙蝠中的冠状病毒牵连等提出了一些新的观点。