黄瓜绿斑驳花叶病毒湖南邵阳株系基因组MP片段的测定及生物信息学分析

摘要

本文运用RT-PCR方法克隆了黄瓜绿斑驳花叶病毒(cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)湖南邵阳株系的基因组MP(CGMMV-HuNSY movement protein)片段,测序并进行了分析。结果显示,片段全长共有803bp(KC684977),编码由264个氨基酸组成的蛋白质,推测分子量约28.87kD,理论等电点pI为9.06,ProtParam预测显示为不稳定蛋白,与已报道的辽宁分离物病毒的MP作比较,核苷酸相似性为99.6%,氨基酸相似性为98.9%;湖南邵阳株系CGMMVMP蛋白无高度卷曲螺旋部位,有跨膜结构区域,该部位表现为疏水性,可能为蛋白互作位点;磷酸化位点均匀分布于整个多肽链中,存在5个主要的B细胞抗原表位预测位点;对烟草花叶病毒属病毒MP氨基酸序列进行了motif查找,发现了该属病毒氨基酸序列的3个保守区段,还进行了密码子偏向性分析。此外,发现了1个酰胺化位点和1个依赖于cAMP和cGMP的蛋白激酶磷酸化位点,可能与病毒的侵染机制有关。