长链非编码RNA MALAT1在大肠癌中的表达及其临床意义:基于多基因表达数据库分析

摘要

背景结直肠癌(colorectal cancer, CRC)是临床中最为常见的消化系统恶性肿瘤,近年来长链非编码RNA(longchainnon-coding RNA, LncRNA)在CRC发生、发展及侵袭转移中发挥重要作用. MALAT1为新近发现的LncRNA,其在CRC中的作用及与患者预后的关系并不十分清楚.目的应用生物信息数据挖掘技术探讨LncRNA MALAT1在大肠癌中的差异表达及其临床意义.方法应用BioGPS数据库分析正常肠上皮中MALAT1的表达情况.在肿瘤芯片表达数据库Oncomine中荟萃分析大肠癌组织与正常肠上皮组织MALAT1的差异表达并分析MALAT1高、低表达与患者生存期是否存在相关性.在STRING数据库中应用蛋白相互作用网络分析与MALAT1相互作用及共表达的相关蛋白.结果MALAT1在正常大肠癌组织中的相对表达量较低.Oncomine数据库中,大肠癌差异表达的研究8项,其中6项在大肠癌中高表达, 2项低表达.比较大肠癌与对应正常组织的相关芯片数据为18个.大肠癌组织中MALAT1表达水平显著高于正常组织(P = 0.027).按结肠癌与直肠癌进亚组分析,结肠癌组织与正常组织MALAT1表达水平无统计学差异(P = 0.149),而直肠癌组织中MALAT1表达水平明显高于对应正常组织(P = 1.04 E-5).在Kaplan-Meier Plotter数据平台中分析MALAT1高、低表达组总生存期分别为41.93mo和52.2 mo,差异无统计学意义(HR = 0.64, 95%CI:0.29-1.39, P = 0.25). String数据库中分析与MALAT1可能相互作用的蛋白,结果显示MALAT1与TP53, SUZ12,CDK4, KDMA,等具有相互作用关系.共表达分析显示MALAT1与EZH2, TP53, SRSF1等基因具有共表达关系,提示这些基因在功能上可能具有相似性.结论大肠癌组织中MALAT1基因表达表达水平明显上调,但MALAT1表达水平与患者预后并无相关性.MALAT1与TP53, SUZ12, CDK4, KDMA蛋白相互作用,上述相互作用蛋白包括多梳蛋白家族,周期蛋白依赖性蛋白激酶等,与肿瘤的基因表达、转录调控及细胞分裂有关.