杉木茎段皮层cDNA文库构建及EST分析

摘要

在利用ZAP Express cDNA试剂盒构建杉木茎段皮层cDNA文库,随机测序共获得1119条有效序列。利用Sequencher 2.0 Demo软件对EST进行聚类分析与拼接,共获得354个非重复序列(UniGenes),其中包括129个重叠群(contigs)(占36.44%)和225个独立ESTs(singletons)(占63.56%)。BlastX比对发现仅有16.4%UniGenes和数据库中至少1条序列是高度相似、19.8%为中度相似、14.1%低度相似,而有近50%在数据库中无匹配序列。基因注释发现文库中表达量较高的特征基因有ARP(auxin-repressed protein)、金属硫因蛋白(metallothionein-like protein,MT)、bZIP转录因子。其中ARP(auxin-repressed protein)是值得关注的基因片段,它可能与杉木分枝及茎的伸长有关。