铜绿假单胞菌噬菌体PaP3的密码使用偏嗜性与tRNA基因

摘要

目的　检索分析铜绿假单胞菌噬菌体PaP3的遗传密码使用偏嗜性及其tRNA基因的关系。方法　利用生物信息学软件和网上生物信息学工具 ,检索分析PaP3的遗传密码使用偏嗜性 ;并与铜绿假单胞菌PAO1的遗传密码使用偏嗜性进行对比分析 ;检索PaP3基因组中tRNA基因并分析其与遗传密码使用偏嗜性的关系。结果　遗传密码偏嗜性分析发现噬菌体PaP3和铜绿假单胞菌优势码一致的氨基酸有F uuc ,I auc ,V guc ,A gcc ,Y uac ,H cac ,N aac ,K aag和T acc ;PaP3单独具有偏嗜性密码的氨基酸有A gcu ,G ggu ,T acu和V gua ;铜绿假单胞菌PAO1单独具有偏嗜性密码的氨基酸有L cug ,V gug ,P ccg ,V gcg ,Q cag ,D gac ,E gag ,C ugc ,R cgc ,S agc和G ggc。tRNA基因查询发现了PaP3基因组中存在三段tRNA编码序列 ,分别编码tRNAAsn,tRNAAsp,tRNAPro;它们的反密码子分别为“gtt” ,“gtc”和“tgg” ,分析结果没有表明这三个tRNA基因与优势转运氨基酸有关。结论　铜绿假单胞菌PAO1的遗传密码偏嗜性更为明显 ,而PaP3的遗传密码偏嗜性相对较弱 ,两者在遗传密码偏嗜性方面并未表现出一致性 ;