铜绿假单胞菌噬菌体PaP3基因组测序

摘要

目的　对新分离的铜绿假单胞菌dsDNA溶原性噬菌体PaP3进行基因组测序。方法　用CsCl梯度离心纯化噬菌体PaP3颗粒 ,提取噬菌体基因组DNA ,建立shot-gun随机文库 ,从文库中随机挑取克隆进行测序并完成序列组装 ,同时通过限制性内切酶图谱结合酶切片段的变性、复性实验分析基因组末端。结果　共进行了 778条序列的测定与拼接 ,测序量达到 1 3 5倍覆盖率 ,得到一条长为 4 42 4 9bp的重叠群 ,此重叠群错误率为 9 4 6ERR 1 0KB ,测序结果和酶切图谱分析表明该PaP3基因组是一 4 42 4 9bp长的线性平端dsDNA分子。其碱基组成为A =2 4 2 4 % ,G =2 6 1 8% ,T =2 3 6 3% ,C =2 5 94 % ;稀有碱基 =0 ;A +T =4 7 87% ,C +G=52 1 3%。结论　噬菌体PaP3基因组是由 4 42 4 9bp组成的线性平端双链DNA分子。测序完成为生物信息学分析和功能基因研究奠定了基础。