TNFSF13B通过影响肿瘤微环境免疫细胞不利于肾透明细胞癌的预后

摘要

目的:通过生物信息学的方法对肾透明细胞癌(kidney renal clear cell carcinoma, KIRC)的肿瘤微环境(tumor microenvironment, TME)进行分析,确定与其关键基因相关的肿瘤浸润免疫细胞(tumor-infiltrating immune cells, TICs)的组成,揭示关键基因的独立预后价值。方法:应用CIBERSORT和ESTIMATE计算方法,从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas, TCGA)数据库中计算了611例KIRC患者免疫和基质成分的数量和TICs的比例。通过对差异表达基因进行分析并进行Cox回归分析和构建蛋白质-蛋白质相互作用网络(protein protein interaction network, PPI),再通过单因素Cox与PPI的交集分析,确定肿瘤坏死因子超家族13b(TNFSF13B)为预测因子。进一步对TNFSF13B的表达进行差异分析、生存分析、临床相关性分析、基因集富集分析(gene set enrichment analysis, GSEA)、TICs组成比例及相关性分析。结果:TNFSF13B的表达与KIRC患者的生存期呈负相关。GSEA表明,高表达TNFSF13B组的基因主要富集在免疫活性细胞中。对TICs比例的CIBERSORT分析表明,调节性T细胞(Treg)和T细胞滤泡辅助因子(Tfh)与TNFSF13B表达呈正相关,但幼稚B细胞和静息肥大细胞与TNFSF13B表达呈负相关,提示TNFSF13B可能负责调控TME的免疫细胞成分。结论:TNFSF13B的表达水平可能不利于KIRC患者的预后,特别可能通过影响TME的免疫成分发挥作用,同时也揭示了TNFSF13B作为免疫治疗发展的潜在靶点和生物标志物。