青海小海绵羊肚菌M12-10转录组SSR信息分析及其分子标记开发

摘要

为明确羊肚菌转录组SSR总体特征、开发出适用于分子育种的SSR引物,对分离自青海大通的小海绵羊肚菌M12-10菌丝体高通量转录组测序,采用MISA分析小海绵羊肚菌M12-10转录组SSR位点信息,利用Primer 3.0设计引物,并选择12对引物将19株不同种、不同采集地的野生羊肚菌进行聚类分析。结果表明:高通量测序组装得到153326个转录本,100672个SSR位点分布在20043条Unigenes基因上;SSR发生频率为19.9%,单核苷酸(9268,46.0%)和三核苷酸(5183,25.0%)是主要的重复类型,优势重复基元为A/T(33.0%)、GA/AG(12.0%)和TGC/CAG(40.0%);基序长度集中在10~20bp的比例为73.9%,具有高多态性。基于SSR的20043条Unigene成功设计了14894对引物,随机筛选的12对SSR引物中4对引物表现稳定可重复的多态性;遗传相似系数为0.55时,19株羊肚菌菌株分为两类;相似系数为0.84时,19株羊肚菌全部分开。故基于小海绵羊肚菌M12-10转录组数据SSR标记开发是可行有效的,筛选的4对高频率、高多态性的SSR引物将有助于开展种质资源评价和遗传多样性分析。