基于全长转录组测序的多花黄精WRKY转录因子家族分析

摘要

WRKY转录因子家族在植物生长发育、次生代谢产物合成、生物和非生物胁迫响应等过程发挥着重要的作用。该研究采用PacBio SMRT高通量测序技术对多花黄精进行全长转录组测序,利用生物信息学手段从多花黄精全长转录组中鉴定WRKY家族成员,分析其理化性质、亚细胞定位、系统进化信息及保守基序。结果显示,多花黄精全长转录组测序共获得30.69 Gb数据,去冗余后得到89564条转录本序列,平均长度为2060 bp,N50长度为3156 bp;基于多花黄精全长转录组数据共筛选得到64个WRKY家族成员,氨基酸数目92~1027 aa,相对分子质量为10377.85~115779.48 kDa,等电点4.49~9.84,均为疏水蛋白,大部分都定位于细胞核中;结合拟南芥的WRKY家族进行系统进化分析,所有WRKY家族成员可以分成7个亚组,多花黄精WRKY在这7个亚组中呈不同数量的分布;40个WRKY家族成员在一年生和三年生多花黄精根茎中存在不同程度的表达差异,除PcWRKY39以外,均在三年生样本中表达趋向下调。该研究为多花黄精的遗传学研究提供了丰富的参考数据,也为深入研究WRKY家族的生物学功能奠定了理论基础。