日本荚蒾转录组SSR位点分析及多态性SSR标记开发

摘要

基于极小种群日本荚蒾的转录组测序数据对SSR位点进行检索,分析该物种SSR位点的分布特征,并进一步开发出49个有效的SSR标记,在12份材料中,19个标记显示出多态性,这些标记可以用于后续的遗传学研究。SSR位点分析结果显示,在11244条Unigene上共检测到16059个SSR位点,SSR位点的出现频率为20.72%,平均每3800 bp出现一个SSR位点。在SSR所有重复类型中,以二核苷酸重复位点数量最多,共12065个(75.13%),五核苷酸重复位点数则最少。SSR重复基元类型丰富,共计282种,优势基序分别是AG/CT、AAG/CTT、AAAT/ATTT、AAAAT/ATTTT和AGAGGG/CCCTCT。不同重复位点的长度分布范围较广,介于8~84 bp,其中以12~18 bp为主,共包含9684个SSR位点(60.30%)。SSR标记的多态性分析结果显示,70对SSR引物中,有49对SSR引物扩增出条带,其中19对SSR引物在12份材料中显示出多态性,共扩增出52个等位基因,多态信息含量(PIC)的平均值为0.36。本研究明确了极小种群日本荚蒾SSR位点分布特征,开发出的多态性SSR标记可用于日本荚蒾的遗传多样和居群结构研究,为该珍稀濒危物种制定保护策略。