香蕉MAP3K基因的克隆及表达

摘要

为研究一个受低温诱导的香蕉MAP3K基因的序列特征以及其与靶定它的miRNA(miR408d)和lncRNA(MSTRG.4851)的表达特征,以‘天宝蕉’为材料,采用反转录PCR(RT-PCR)技术克隆该基因,分析其核苷酸和编码蛋白序列特性,基于长链非编码RNA(lncRNA)和小RNA(sRNA)测序数据分析MAP3K-miR408d-MSTRG.4851三者的表达趋势,并利用实时荧光定量PCR技术(qRT-PCR)验证它们在低温胁迫下的表达情况.结果显示:MAP3K编码序列(CDS)长为2 262 bp,可编码一个分子式为C3566H5625N1047O1090S32,氨基酸大小为753 aa,分子量为81 631.17,等电点为9.33的不稳定亲水性蛋白.MAP3K含有保守的PKinase结构域和MEKK结构域,不含跨膜结构和信号肽,与小果野蕉MAP3K亲缘关系最近.亚细胞定位预测结果显示MAP3K主要定位于外膜.蛋白互作预测结果显示MAP3K与MAPKK A亚族的3个MAP2K蛋白存在互作.MAP3K启动子含有大量的光响应和多种激素响应等元件.与组学测序结果一致,qRT-PCR结果显示MAP3K的表达受低温显著诱导,而靶定它的miRNA和lncRNA受低温抑制.本研究表明MAP3K的表达受miRNA和lncRNA调控,可能在香蕉响应低温胁迫过程中发挥重要作用.(图7表3参32)