基于向日葵全基因组序列的SSR标记开发及鉴定

摘要

向日葵(Helianthus annuus L.)是世界上重要的油料作物之一,目前有限的分子标记限制了向日葵种质资源鉴定与利用、遗传性分析等研究。本研究根据已经发表的向日葵全基因组序列进行了SSR位点的标记开发,共检测到426196个双端含有100 bp SSR片段,具有引物的片段数量为156009个。向日葵SSR位点的重复类型以二核苷酸和三核苷酸重复为主,共占所有位点的90%。重复基序类型丰富,二核苷酸~六核苷酸重复基序最丰富的类型分别是TA/TA、TTG/CAA、AAAT/ATTTA、ATTTT/AAAAT和AAAGTC/GACTTT,重复次数主要以4~10次为主。每条染色体选取10对SSR引物共170对引物在8份向日葵材料中进行检测,其中52对引物能进行有效扩增,并且20个引物在这些材料中具有多态性。本研究将为今后在构建向日葵SSR遗传图谱和分子标记辅助育种等工作中发挥重要的作用。