四重荧光RT-PCR快速鉴别新冠病毒Omicron BA.1、BA.2、BA.4和BA.5变异株

摘要

目的 建立一种四重荧光RT-PCR方法，快速、低成本区分新冠病毒Omicron BA.1、BA.2、BA.4和BA.5变异株。方法 比对100个新冠病毒Omicron变异株的基因序列，建立检测N、S、ORF1a和M基因的多重荧光RT-PCR体系，具体包括：针对N基因31/32/33位氨基酸缺损的检测、针对S基因69/70位氨基酸缺损的检测、针对ORF1a基因141/142/143位氨基酸缺损的检测，以及针对M基因D3N氨基酸点突变的检测。用该体系检测80份新冠病毒核酸样本，初判病毒变异株种类。全部样本采用二代测序获得全序列并分型，将初判结果与二代测序的分型结果进行比较，评价该方法的准确性。结果 多重荧光RT-PCR检测体系可特异检测新冠病毒，不受其他呼吸道病毒影响。80份新冠病毒核酸样本，用建立的荧光RT-PCR体系进行分型，Omicron变异株49份，其中9份为Omicron BA.1,15份为Omicron BA.2,3份为Omicron BA.4,22份为Omicron BA.5，与二代测序的分型结果完全一致。结论 建立的荧光RT-PCR检测体系可准确鉴别Omicron BA.1、BA.2、BA.4和BA.5变异株，为普通实验室提供了快速、简便、准确的新冠病毒变异监测策略。