基于RAD-seq简化基因组测序的青皮茄子遗传多样性分析

摘要

为了在基因组水平上揭示青皮茄子材料的遗传多样性，发掘重要种质特性基因，本研究采用RAD-seq测序鉴定了国内外49份青皮茄子材料的SNP标记，计算观察杂合度（Ho）、核苷酸多样度（π）、近交系数（Fis）、遗传分化系数（Fst）等遗传统计量指标，分析其遗传多样性和群体结构，并通过选择信号检测鉴定受选择基因。结果表明，在49份青皮茄子材料中鉴定SNP标记77 431个，遗传聚类分析将49份青皮茄子材料分为4个群体，POP4和POP2的遗传多样性最为丰富，POP1的遗传多样性相对匮乏；POP4和POP2的近交系数Fis最高，并且群体结构分析结果显示最优分群数为4，类群之间存在相互交叉现象，说明每个类群间有很近的亲缘关系。通过选择信号分析，在49个青皮茄子群体中检测出10个区域受到选择作用，包含144个受选择基因。进一步对这些受选择基因进行了GO富集分析，在分子功能（Molecular function）、细胞组份（Cellular component）和生物学过程（Biological process）均存在选择性富集。