特发性膜性肾病转化为终末期肾病的关键基因及防治中药的生物信息学分析与验证

摘要

该研究运用生物信息学分析筛选参与特发性膜性肾病转化为终末期肾病的关键基因，并预测具有防治作用的针对性中草药及有效成分。通过基因表达综合数据库中下载特发性膜性肾病微阵列数据GSE108113和终末期肾病微阵列数据GSE37171,使用R软件筛选共同差异表达基因，得到8个特发性膜性肾病转化为终末期肾病的同向差异表达基因；利用GraphPad Prism软件分别验证同向差异表达基因在特发性膜性肾病微阵列数据GSE115857和慢性肾脏病微阵列数据GSE66494中的表达，最终得到参与特发性膜性肾病转化为终末期肾病的7个关键基因（FOS、OGT、CLK1、TIA1、TTC14、CHORDC1、ANKRD36B）,进行基因本体（GO）功能富集分析，编码蛋白的功能共有209个，主要涉及regulation of RNA splicing（调节RNA剪接）、cytoplasmic stress granule（细胞质应激颗粒）、poly（A） binding[聚（A）结合]等。Coremine Medical数据库筛选得到纳入2020年版《中国药典》中包括人参、泽兰、栀子在内的具有防治特发性膜性肾病转化为终末期肾病的中药共13味。中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）挖掘出有效成分槲皮素能与关键基因FOS编码蛋白分子对接，为相关中药新药开发提供靶标及研究思路。