哺乳动物驱动蛋白的计算基因组学分析与鉴定

摘要

提供了一种新颖的、基于比较基因组学方法的全长驱动蛋白预测方法(full-lengthkinesinpredictionprogram,FKPP),用于哺乳动物中驱动蛋白质组的鉴定与研究.之前的预测认为,哺乳动物共含94个驱动蛋白,而用FKPP从哺乳动物的基因组中总共鉴定出134个可能的驱动蛋白基因.基于数据库中存在的片段序列,用FKPP鉴定出25个可能的全长驱动蛋白.此外,用FKPP方法发现人的动点马达蛋白CENP-E应包含2701个氨基酸,而不是当初根据克隆预测的2663个氨基酸.通过对CENP-E的cDNA进行重测序,并同时采用特异性识别FKPP预测的CENP-E多肽抗体予以实验评估,结果表明,FKPP预测的CENP-E氨基酸序列是正确的.为此,本研究利用FKPP对哺乳动物的驱动蛋白进行了重新分类.鉴于目前公共数据库含有较多非全长序列的蛋白片段,FKPP可提供一个具有显著效率且准确新颖的全长序列预测手段,用于驱动蛋白以及其他蛋白家族的分子鉴定.