芥菜GRF转录因子家族的全基因组鉴定与分析

摘要

本研究运用生物信息学方法,在芥菜(Brassica juncea)全基因组中鉴定了29个GRF转录因子家族基因,对该家族理化性质、系统发育关系、基因结构、保守基序以及芥菜GRF基因家族扩张原因进行分析。理化性质分析表明,29个芥菜GRF蛋白序列长度为125~555 aa,分子量为14.28~62.65 kD,理论等电点pI介于6.19~9.97之间;拟南芥、白菜、黑芥和芥菜的GRF基因家族系统发育树分析显示芥菜GRF转录因子可分成4类,物种中GRF基因的亲缘关系符合期望的物种间系统发育关系;GSDS结构分析芥菜GRF家族基因多为4个外显子结构;MEME分析表明29个芥菜GRF基因都具有QLQ和WRC结构域的保守基序结构;串联重复和芸薹属三倍乘事件对芥菜GRF基因家族扩张的贡献分别为6.9%和38.0%,表明芸薹属三倍乘事件对芥菜GRF家族扩张起到重要驱动作用。以上研究结果对芥菜GRF转录因子家族的后续研究具有一定的意义。