基于转录组测序的粗肋草SSR位点分析和分子标记开发

摘要

粗肋草是常见的室内观赏植物,为了规范其商业品种的开发,以及为后续的分子育种研究提供基础数据,本研究开发了高效可靠、操作简单SSR分子标记。从粗肋草‘如意’转录组测序获得到的115 449条unigene中共检测到29 776个SSR位点,优势重复类型为单核苷酸重复和二核苷酸重复,分别占总SSR位点的42.30%和40.05%。以8个品种粗肋草DNA为模板,设计的55对SSR引物中有14条的扩增产物经3%琼脂糖凝胶电泳后呈现出清晰单一的条带;经毛细管凝胶电泳后获得了12对具有多态性的引物。基于12对引物扩增片段的35个等位位点,通过UPGMA聚类分析将8个品种粗肋草分为3个类群,其中,‘红如意’和‘吉利红’可能为同种异名。本研究筛选出的SSR引物可为粗肋草的遗传多样性分析、遗传图谱构建、遗传稳定性鉴定等提供可靠的分子标记。