朱顶红褪绿环斑病毒侵染辣椒幼苗的miRNA差异表达分析

摘要

为分析朱顶红褪绿环斑病毒(Hippeastrum chlorotic ringspot virus,HCRV)侵染的辣椒幼苗与对照健康辣椒幼苗的miRNA差异表达数据,以探索miRNA在HCRV与寄主互作中的机制。本研究采用人工摩擦接种方法接种病毒,1 dpi采样,提取总RNA,利用高通量测序技术检测HCRV侵染样品和对照健康样品的miRNA并进行差异表达分析。使用Patmatch_v1.2软件对表达差异显著的miRNA进行靶基因预测并对靶基因进行聚类分析,最后随机选取4个差异表达miRNA进行RT-qPCR检测以验证测序结果。结果发现,与对照健康样品相比,HCRV侵染辣椒样品有89种miRNA差异表达,其中56种miRNA上调表达,33种miRNA下调表达。差异表达miRNA靶基因参与了细胞代谢等生物学过程,其分子功能主要为催化及结合等,4个差异表达miRNA的RT-qPCR验证结果与高通量测序结果一致。这为进一步阐释HCRV与寄主的互作机制,全面防治该病毒提供了有效的数据。