构建基于折叠核心的全α类蛋白取代矩阵

摘要

氨基酸残基取代矩阵是影响多序列比对效果的重要因素,现有的取代矩阵对低相似序列的比对性能较低.在已有的BLOSUM取代矩阵算法基础上,定义了基于蛋白质折叠核心结构的序列-结构数据块;提出一种新的基于全α类蛋白质折叠核心结构的氨基酸残基取代矩阵——TOPSSUM25,用于提高低相似度序列的比对效果.将矩阵TOPSSUM25导入多序列比对程序,对相似性小于25%的一组四螺旋束序列-结构数据块的测试结果表明,基于TOPSSUM25的多序列比对效果明显优于BLOSUM30矩阵;基于一个BAliBASE子集的比对检验也进一步表明,TOPSSUM25在全α类蛋白质的两两序列比对上优于BLOSUM30矩阵.研究结果可为进一步的阐明低同源蛋白质序列-结构-功能关系提供帮助.