苋菜AtrADH2基因密码子偏好性与进化分析

摘要

ADH基因在甜菜色素生物合成酪氨酸途径中发挥着重要调控作用。为探究苋菜酪氨酸途径关键因子AtrADH2密码子的偏好性特征,本研究运用Codon W、EMBOSS、SPSS 24和Origin 2019b等软件分析了苋菜AtrADH2基因的密码子使用特征,与其他26个物种ADH2基因的密码子使用偏好性和6种常见模式生物的密码子使用频率进行比较。结果表明:苋菜AtrADH2基因密码子的使用偏好性较弱且偏好使用以A/T结尾的密码子,RSCU>1的有26个密码子;所有物种ADH2基因的CDS序列和RSCU值聚类分析在聚类上存在差异,但相似性很高,CDS序列聚类分析更能准确反映同源关系;不同物种ADH2基因密码子各成分均具有极显著相关性;苋菜AtrADH2基因的密码子基因位点更接近期望ENC曲线,突变压力是偏好性形成的主要因素;大肠杆菌和酵母菌均适合作为苋菜AtrADH2基因的异源表达受体,拟南芥是苋菜AtrADH2最理想的遗传转化受体。本研究为苋菜AtrADH2基因功能的进一步研究提供重要参考。