水杉40S核糖体蛋白S8基因的克隆及生物信息学分析

摘要

水杉(Metasequoia glyptostroboides)是全世界著名的孑遗植物,而核糖体蛋白又是细胞中参与蛋白质合成及调控基因表达的一种重要蛋白。因此,为了进一步展开对水杉核糖体蛋白基因的结构和功能研究,本研究在构建水杉全长转录组文库的基础上,克隆了一个40S核糖体蛋白S8基因(MgRPS8),借助于生物信息学手段对其进行了分析。结果显示:该基因c DNA全长为1 497 bp,编码221个氨基酸;编码蛋白分子量为25.1 kD,等电点为10.39,总平均吸水值为-0.968;含有19个常见功能位点;二级结构包括5个螺旋区、7个折叠区和一些无规则卷曲区;三级结构同源比对的结果进一步证实该基因的编码蛋白为真核生物核糖体蛋白S8;系统发育树构建的结果表明,该基因与日本柳杉的40S核糖体蛋白S8基因具有较近的亲缘关系。本研究结果可为水杉及其它物种的核糖体蛋白基因的结构和功能研究提供分子基础参考。