辣椒和番茄PIF基因家族密码子偏好性分析

摘要

本研究选取辣椒和番茄两种茄科作物的光敏色素互作因子(phytochrome-interacting factors,PIF)基因家族为研究对象,利用CodonW和CUSP等软件,分析这两种作物PIF基因家族的密码子偏好性。结果发现:辣椒和番茄PIF基因家族的密码子偏好性都较弱,大多数PIF基因家族成员都偏好以A或T(U)结尾,而CaPIF8和SlPIF8a偏好以C结尾;在辣椒中鉴定出30个高频密码子,番茄中鉴定出27个高频密码子,两者的高频密码子均偏好以A或T(U)结尾,其中偏性最强的密码子均为AGA;两者PIF基因家族密码子同义密码子第3位碱基GC含量(GC3s)均与有效密码子数(ENC)呈显著相关性;RSCU聚类分析结果也与CDS聚类结果基本一致;从ENC-plot、偏倚分析(PR2-plot)、中性绘图可以判断碱基突变与自然选择均会影响密码子使用,但自然选择的影响更大。本研究为日后辣椒和番茄的PIF基因家族功能验证提供一定的理论依据。